一、对项目全过程进行监督。专项资金是根据具体项目经过专项审批后设立的。在审计过程中,有必要对照项目审批文件中规定的资金额度、用途、拨付、管理、使用情况每个环节进行核对，可以全面、快速、有效地审查资金的来源、到位、拨付和使用是否合规、合法，从而进一步查清项目资金在整个经济活动过程中存在的问题。

二、对专项资金的支出合规性进行监督。专项资金支出审计是体现资金使用效果的重要环节，审计时以资金支出为主线。在被审计单位对所提供会计资料的真实性、完整性作出承诺的基础上，对专项资金的支出合规性进行审计，同时关注是否存在通过往来科目转移专项资金、以拨代支、资金拨付即列支出、伪造名目挤占使用专项资金等问题。

三、对专项资金使用效率开展“双监控”。把全面推进专项资金支出绩效评价和压实项目实施单位主体责任实施“双监控”，督促各部门严格按照要求开展好项目并及时纠正执行偏差，从而进一步提升专项资金的使用绩效。